Ein düsteres Gemäuer im windgepeitschten Hochmoor von England, eine Familie mit einem dunklen Geheimnis – das ist das neue Zuhause der kleinen Mary Lennox, die bei einem Erdbeben in Indien ihre Eltern verlor.

Nun ist die verwaiste Tochter im ungastlichen Haus ihres Onkels gelandet, den sie Anfangs gar nicht zu Gesicht bekommt. Ein wunderschöner, geheimer Garten ist der einzige Ort, an dem sich Mary ein wenig wohl fühlt und in dem sie Freundschaft mit dem gutmütigen Bauernjungen Dickon schließt. Als Mary klagende Laute aus einem Zimmer hört, schleicht sie sich in das verdunkelte Zimmer und findet dort ihren Cousin Colin vor, der nicht laufen kann und auf alles übersensibel reagiert, was von außen kommt.

Mary akzeptiert seine Empfindlichkeit nicht und nimmt ihn verbotener Weise mit in den geheimen Garten. So verbringen sie Tag für Tag in dem verwunschenen Garten, der mit der Zeit ebenso erblüht – wie Colin.